恵比寿駅は明治39年の開業だが、実はビールを出荷するための貨物駅として明治34年に開業したのが始まり。長らくJRでは山手線のみの駅だったが、平成8年に埼京線が恵比寿まで延長。平成14年に大崎へ延びるまで埼京線の南の終点を務めた。
Rの改札口は東口と西口の2カ所で、出口は5カ所ある。日比谷線の改札も2カ所で、出口は1～5の5カ所
恵比寿ガーデンプレイスの所在地はかつてサッポロビールの恵比寿工場だったことから、ご当地発車メロディとして全ホームで「ヱビスビール」のCM曲となっている映画『第三の男』のテーマ曲が採用されている。
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